نقد سوم محقق نایینی بر کلام مرحوم آخوند: حکومت 2 قسم است: واقعی و ظاهری
آن چه اثر دارد حکومت واقعی است و آن چه در این جا هست حکومت ظاهری است که موجب تخصیص و تفسیر و تقیید نمی شود.
نقد چهارم: آن چه در اصول عملیه هست در امارات نیز هست بلکه اولی است.
نقد پنجم: اگر حکومت است باید همه آثار پیاده شود... و لایلتزم به احد
نقد نقد:
1. نقد اول محقق نایینی بر محقق خراسانی تمام نیست چون نسبت داده شده به ایشان تمام نیست.
2. ادعا این است که عرف در نسبت بین این دو دسته از دلیل چنین می فهمد.

لزوم احاله به محیط عرف، عقلا و قانون در تفسیر جعل امارات و طرق و اصول. حتی مراجعه به ظواهر ابتدایی ادله کافی و تمام نیست. نقود محقق نایینی بر محقق خراسانی:
1. ضابطه حکومت - که مورد قبول مرحوم آخوند است - در نسبت بین ادله اصول و ادله مبین اجزا و شرائط نیست.
2. طبق تفسیر محقق آخوند باید قبل از تعمیم شرط حکم ظاهری وجود داشته باشد در حالی که حکم ظاهری با همین ادله می‌آید.
3. حکومت واقعی در این جا نیست. مستلزم اجزاء نیز نیست.
4. فرقی بین امارات و اصول نیست بلکه امارات اولویت برای اجزاء دارد.
5. لوازمی دارد ملتزم نمی شود

تتبع با نقل کلام محقق خراسانی در کفایة الاصول - اشاره به سه قسم در مساله:
1. اصول عملیه که تنقیح موضوع تکلیف و تحقیق متعلق تکلیف می کند مانند اباحه و طهارت. در این جا باید به اجزاء قائل شد.
2. امارات که لسان بیان واقع را دارند در این جا باید به عدم اجزاء قائل شد، زیرا با ارتفاع جهل معلوم می شود فاقد شرط بوده است(بنا بر طریقیت)
3. آن چه برای اثبات اصل تکلیف می آید، وجهی برای اجزاء نیست
4. در قطع وجهی برای توهم اجزاء نیست مگر مصلحت استیفاء شود که دلیل خاص می خواهد.
اجزاء در مواردی از اصول و طرق و امارات مستلزم تصویب باطل نیست.

فی الاصل الذی یرجع الیه عند الشک - بیان اقتضاء القاعده الاولیة فی المساله
محقق نایینی: عدم اجزاء در موضوعات و احکام - قول به اجزاء یستلزم التصویب - قول به تصویب در موضوعات گرچه اجماع بر بطلان آن نیست لکن خلاف ظاهر ادله اش است مانند خلاف ادله طرق که ظهور در طریقیت دارد - بر فرض ضیق خناق و لزوم التزام به سببیت از آن اجزاء در نمی‌آید نهایت مصلحت سلوکیه می شود.
مگر دلیل خاص داشته باشیم مثل باب قضاء فی الجمله
محقق خویی: لزوم تفصیل بین طریقیت و سببیت در باب امارات و حجج مگر دلیلی بر خلاف دلالت کند.