محقق نائینی در این مسأله چند مطلب دارد که دو مورد آن گذشت اما مطلب سوم ایشان آن است که می فرماید: آقایان استدلال کرده اند برای تقدیم تخصیص بر نسخ که اگر امر دائر شد بین این که خاصی ناسخ عام باشد یا مخصص آن، بگوییم مخصص است زیرا تخصیص بسیار فراوان است وحجم آن نسبت به نسخ بسیار بیشتر است و نسخ به غایت کم محقق شده است، این در صورتی است که وقوع نسخ در عصر انقطاع وحی را بپذیریم. نائینی می فرماید که از چه زمانی تا به حال بیشتر بودن یا کمتر بودن موجب مزیت و ترجیح یک طرف و مرجوح بودن طرف دیگر شده است؟ 

«أنّ مجرّد کون التخصیص اکثر من النسخ لا یوجب حمل الخاص علی التخصیص»  بیشتر بودن و کمتر بودن که معیار نیست چرا که معیار باید مبتنی بر یک قرینه ی عرفیه باشد کما این که در موارد عام و خاص وجود دارد زیرا خاص قرینه عرفیه است که در حوزه خاص به خود خاص عمل کنیم نه عام اما اگر این قرینه عرفیه نباشد نمی توانیم حمل کنیم بر طرفی که بیشتر است هرجند قرینه عرفیه نباشد.آیا نسخ مخالف قرینه ی عرفیه است؟!

«لا عبرة بالکثرة ما لم تکن قرینة عرفیة بحیث توجب ظهور اللفظ في موردها.» صرف زیاد تر بودن معیار نیست در نتیجه استدلال کسانی که به دنبال تقدیم تخصیص بر نسخ هستند به این دلیل(صرف بیشتر بودن نسخ)نافع نخواهد بود و در باب مرجحات این مطلب به کار نمی آید.

مطلب بعدی نائینی آن است که بعضی گفته اند اصلا نسخ بر تخصیص مقدم است؛ مثال سابق را یاد آور می شودیم در مورد آیه قرآنی که وارد شده«أحلّ الله البیع و حرّم الربا» بنا بر اینکه این جمله کلام خداوند باشد نه ادامه ی کلام کفار،آیه بیع را حلال و ربا را حرام اعلام می کند اما با مراجعه به کلمات معصومین ع به استثنائاتی بر می خوریم؛حال یا باید بگوییم حرم الربا از اول مخصص بوده و این استثنائات بشوند تخصیص و یا بگوییم از ابتداء عام بوده است و بعدا نسخ محقق شده و مواردی خارج شده است.

قائلین به تقدّم نسخ می گویند : اگر قائل به تخصیص شویم در واقع ظهور عام را در عموم از بین برده اید اما اگر قائل به نسخ شوید اطلاق زمانی در استمرار از بین می رود نه ظهور عموم در عام و اگر اطلاق را از بین ببریم بهتر است تا عموم را بزنیم زیرا تقیید المطلق مقدّم است بر تخصیص العام هر چند ما این مطلب را سابقا نپذیرفتیم اما گفته شد که طرفداران پابرجایی دارد.

نائینی دو اشکال بزرگ به این استدلال می کند ؛1) اگر قائل به نسخ شوید باید عموم عام را در همه ی افراد بپذیرید در حالی که ظهور دلیل خاص مانع از انعقاد عموم می شود و اصلا عمومی شکل نمی گیرد تا در نتیجه سخن از نسخ به میان آید. نسخ مترتب بر این است که عمومی درست شود بعد خاص آن را بهم بزند.

و أمّا الوجه الثاني: فلأنّ النسخ يتوقّف على ثبوت حكم العامّ لما تحت الخاصّ من الأفراد، و مقتضى ما تقدّم: من حكومة أصالة الظهور في طرف الخاصّ [ نمی گوید مخصص چون هنوز مخصص بودن آن ثابت نیست] على أصالة الظهور في العامّ، هو عدم‏ ثبوت‏ حكم‏ العامّ لأفراد الخاصّ  فيرتفع موضوع النسخ.

خاص به عنوان یک قرینه عرفیه مانع از انعقاد ظهور عام است تا بعد از آن کلام از نسخ به میان آید. البته ما برخی اشکالات بر ایشان داریم اما الان هدف ما نیست.

مطلب چهارم نائینی است که قائلین به تقدیم نسخ، نسخ را از قبیل تقیید مطلق می دانند ولی تخصیص ظهور لفظی عام را می زند در حالی که نسخ ظهور اطلاقی را می زند و بعد هم گفتند که ظهور اطلاقی برای مقید شدن اولویت دارد نسبت به ظهور عام در همه ی افراد اما سؤال می شود که ظهور عام در استمرار و شمول آن نسبت به همه ی زمان ها مستفاد از اطلاق و مقدمات حکمت است یا اینکه این استمرار به خاطر روایاتی از قبیل « حلال محمد ص حلال الی یوم القیامه و حرامه حرام الی یوم القیامه » یا ادله ای که دلالت بر خاتمیت و جاودانگی احکام می کند؟ پس اگر نسخ بیاید تخصیص این روایات است.

«و ثبوت أحكام الشريعة في جميع الأزمنة ليس من جهة إطلاق الأدلّة، بل من جهة قوله عليه السلام «حلال محمّد صلّى اللّه عليه و آله و سلّم حلال إلى يوم القيامة و حرامه حرام إلى يوم القيامة»و نحو ذلك من الأدلّة الدّالة على استمرار أحكام الشريعة و عدم نسخها...»

از نائینی می پرسیم که آیا همه ی استمرار ها اینگونه هستند که پاسخ می دهد خیر؛برخی استمرار ها به خاطر اطلاق دلیل هستند مانند اوفوا بالعقود. یا اینکه بگوییم فلان عقد لازم است یعنی لزوم آن استمرار دارد  و اگر اینگونه نباشد اصلا لزوم معنا ندارد و جنس لزوم استمرار است و قانون گذار هم که وقت تعیین نکرده است اما باید توجه کرد که استمراری که از حلال محمد به دست می آید با استمراری که از اطلاق دلیل و مقدمات حکمت استفاده می کنیم تفاوت دارد:« الاستمرار المقابل للنسخ غير الاستمرار المقابل لتقييد الحكم و تحديده بزمان خاصّ.» در نتیجه نسخی که مقابل تخصیص است نسخی است که به دنبال رفع استمرار حکم مستفاد از حلال محمد حلال الی یوم القیامة است و نمی توان گفت که این نسخ مئونه اش کمتر از تخصیص عام است پس به سراغ نسخ می رویم.

اینکه نائینی می گویند عموم افرادی مستتبع عموم ازمانی است تنها  در اینجا مطرح نمی شود بلکه در موارد دیگر نیز ثمره دارد و باید با دقت آن را فهمید.

اشاره به نقد کلام ایشان: این گونه تعبیر که عموم افرادی مستلزم عموم ازمانی است پسندیده نیست بلکه باید گفت لزوم وفا به عقد، در جنس این حکم دوام و استمرار لحاظ شده است و اگر اینگونه نباشد تشریع لزوم عقد و موقت بودن آن منجر به لغویت عرفی می شود. پس این هم به اطلاق ربطی ندارد.

 همچنین نائینی گفتند که خاص رافع انعقاد عموم است که صحیح نیست زیرا خاص اگر در مخصص بودن مسلم باشد اصالت ظهور آن مقدم میشود و موجب تخصیص می شود نه خاصی که هنوز مخصص بودنش معلوم نیست؛ ظهور در خاص دارد اما ممکن است نسخ باشد.

در نتیجه چون ایشان دلیل قائلان به تقدم نسخ را قبول ندارد، قائل به تقدم تخصیص می گردد و حرف او با مشهور یکی می شود اما فرایند او متفاوت است.