بیان شد در جوانب تعریف علم اصول سه مساله وجود دارد. مساله اول نسبت بین علم رجال و علم اصول بود که سخن در این مساله است. بحث اینجا بود که آیا مسائل علم رجال داخل در علم اصول است یا خارج از آن است. برخی مانند محقق عراقی معتقدند که داخل است و اگر داخل اصول مطرح نشده به دلیل طولانی شدن مباحث اصولی است و عموم علما هم قائل به عدم داخل بودن علم رجال در علم اصول است. این گروه معتقدند که این دو مبحث از هم جدا هستند و اگر استاد اصولی در کلاس از اسناد کامل الزیارات به عنوان یک بحث اصولی و نه استطرادی بحث کند متهم به عدم نظم فکری می شود؛ از آن طرف هم اگر کسی در حال بحث رجالی است و وارد بحث اعتبار استصحاب شود، چنین شخصی هم متهم به عدم انضباط فکری می شود. اما به دلیل مشابهت در استفاده در طریق استنباط، برخی این توجیه را مطرح کردند که اگر مسأله ای بلاواسطه، کبرای قیاس استنباط قرار گیرد، مانند "کل ظاهر حجة" این یک مساله اصولی است ولی اگر نیاز به واسطه دارد مانند اینکه بگوییم: "زراره ثقه است و او خبری را نقل کرده و در آن خیر صیغه امر وجود دارد و صیغه امر ظهور در وجوب دارد پس آنچه که در آن خبر آمده واجب است" این واسطه مساله را وارد علم رجال می کند. بعد اشکالی پیش آمد که خیلی از مسائل اصولی هم با واسطه در قیاس استنباط قرار می گیرد مانند بحث از اینکه صیغه امر مصداق ظهور هست یا خیر، که در پاسخ گفته شد این مسائل از مبادی علم اصول است و داخل در علم اصول نیست. لذا این گروه برای خروج علم رجال از تعبیر واسطه داشتن یا نداشتن استفاده کردند.

برخی دیگر این طور تعبیر کردند که اگر در قیاس استنباط قضیه ای به ضمیمه قاعده اصولی دیگر احتیاج نداشت آن قضیه یک مساله اصولی است. مثلا در قضیه "خبر الواحد حجة"، قاعده اصولی دومی برای استنباط اضافه نمی کنیم ولی در قضیه "سند کامل الزیارات معتبر است" نیاز به یک قاعده اصولی دیگری برای استنباط هستیم و باید بگوییم " سند کامل الزیارات معتبر است و در این کتاب این خبر آمده است که صیغه امر دارد و صیغه امر آن ظهور در وجوب دارد پس واجب است". لذا این واسطه شدن قاعده اصولی موجب می شود این قضیه از دایره علم اصول خارج شود.

به جناب عراقی عرض می کنیم گاهی سخن از علمی است که در مسیر تشخص و تعین بوده و هنوز به آن حد نرسیده و در مورد آن ارتکازاتی وجود ندارد مانند علم اصول در هزار و سیصد سال قبل که در حال شکل گرفتن بود، و گاهی از علمی سخن گفته می شود که به تعین و تشخص رسیده که البته منافاتی با در حال رشد بودن آن ندارد. در مورد قسم اول می توان گفت : جای بحث از داخل بودن یا نبودن برخی مسائل در چنین علمی وجود دارد اما در قسم دوم که علم اصول کنونی هم در آن قسم است و بیش از هزار سال از عمر آن می گذرد، و این علم دارای تعینات و ارتکازات سلبی و ایجابی است، دیگر نمی توان ملتزم شد که مباحث رجالی داخل در علم اصول است. مگر اینکه کسی معتقد باشد من اصولی را بحث می کنم که غیر از اصول مرتکز در اذهان علماست که آن بحث دیگری است.

این اشکال به محقق عراقی زمینه اشکال به جناب نائینی و شاگردان ایشان را نیز ایجاد می کند. این گروه برای خروج علم رجال، قید واسطه داشتن و بلا واسطه بودن را اضافه کرده بودند و مشکلی که برای مسائل باواسطه علم اصول پیش آمد را به این طریق حل کردند که این مسائل از مبادی علم اصول است نه خود علم اصول. به این گروه عرض می کنیم که اگر شما از علم اصولی صحبت می کنید که دارای تعین و تشخص و ارتکازات است، آیا پیش از بیان این اشکال در ارتکاز شما این بود که این مسائل اصولی که با واسطه در قیاس استنباط قرار می گیرد، از مبادی علم اصول است؟ یعنی آیا ثلث یا بلکه نیمی از کتاب اصول جزو مبادی علم اصول بوده و خارج از آن است؟ 

در مورد توجیهی هم که می گفت اگر نیاز به کبرای اصولی باشد رجالی است و الا اصولی است باید گفت که شما هنوز در تعریف علم اصول به قرار نرسیدید که نوبت به بحث از احتیاج و عدم احتیاج به کبرای اصولی در قیاس استنباط برسد. 

به نظر ما علم اصول با این تعین و تشخصی که پیدا کرده و با این ارتکازاتی که در اذهان دارد، و علم رجال نیز با تعین و تشخص و ارتکازاتی که دارد، باید گفت که علم رجال داخل در علم اصول نیست و اگر کسی این دو مبحث را خلط کند گفته می شود که نظام فکری منضبطی ندارد. اگر کسی گفت چه تعریفی می توان برای علم اصول و علم رجال عرضه کرد که جامع و مانع باشد، پاسخ این است که این کار ممکن نیست. گاهی انسان تصور می کند که با تعریف می تواند حد و مرزها را مشخص کند اما فی الواقع ممکن نیست و این جای تعجب ندارد چون در تعریف اشیاء پیرامونی خود هم نمی توانیم تعریف جامع افراد و مانع اغیار ارائه کنیم. 

ما یک اصول عملیه داریم مانند اصل برائت و استصحاب و طهارت و ... که در مقابل اصول غیر عملیه است که شامل لفظیه و غیر لفظیه می شود. مثلا اصالة الظهور یک اصل لفظی است. سیره اصل غیر لفظی است اما حکم اصل لفظی دارد. سوال اینجاست که بحث از اصول عملیه بحث اصولی است یا بحث از قواعد فقهیه است؟ به راحتی نمی توان پاسخ داد چون هم شکل فقهی دارد و هم شکل اصولی دارد. برخی مانند آقای مشکینی در حاشیه بر کفایة الاصول قائل شدند که بحث از اصول عملیه تماما بحثی فقهی است و جای بحث آن در فقه و قواعد فقهیه است. برخی هم مانند حضرت آیت الله وحید قائل هستند که اصول عملیه جزو مباحث اصولی است. شیخ انصاری و مرحوم آخوند و محقق اصفهانی و برخی دیگر هم نظر تفصیلی دارند که اگر اصلی در شبهات حکمیه جاری باشد داخل در علم اصول است و اگر در شبهات موضوعیه جاری باشد، داخل در فقه است. 

در مساله اول از سه مساله اختلافی در جوانب تعریف علم اصول، نسبت بین علم رجال و علم اصول بررسی شد. 

به محقق عراقی به عنوان مدافع داخل بودن علم رجال در علم اصول و محقق نائینی به عنوان مدافع داخل نبودن علم رجال در اصول بیان می شود این بحث زمانی مطرح می شود که علمی دارای تشخص و تعین و ارتکازات ذهنی نباشد نه در حال حاضر که بیش از هزار سال از عمر علم اصول می گذرد و تشخص و تعین پیدا کرده است.

نظر نهایی ما در این مساله بر این است که با توجه به ارتکازاتی که از علم رجال و علم اصول وجود دارد علم رجال داخل در علم اصول نیست. امکان تعریف جامع و مانع این دو علم هم وجود ندارد. 

مساله دوم اختلافی، نسبت اصول عملیه و علم اصول است که سه نظر در آن وجود دارد:

1. اصول عملیه داخل علم اصول است. 

2. اصول عملیه داخل علم فقه است. 

3. اصل جاری در شبهات حکمیه داخل علم اصول و اصل جاری در شبهات موضوعیه داخل علم فقه است.