نقد سوم محقق نایینی بر کلام مرحوم آخوند: حکومت 2 قسم است: واقعی و ظاهری
آن چه اثر دارد حکومت واقعی است و آن چه در این جا هست حکومت ظاهری است که موجب تخصیص و تفسیر و تقیید نمی شود.
نقد چهارم: آن چه در اصول عملیه هست در امارات نیز هست بلکه اولی است.
نقد پنجم: اگر حکومت است باید همه آثار پیاده شود... و لایلتزم به احد
نقد نقد:
1. نقد اول محقق نایینی بر محقق خراسانی تمام نیست چون نسبت داده شده به ایشان تمام نیست.
2. ادعا این است که عرف در نسبت بین این دو دسته از دلیل چنین می فهمد.

لزوم احاله به محیط عرف، عقلا و قانون در تفسیر جعل امارات و طرق و اصول. حتی مراجعه به ظواهر ابتدایی ادله کافی و تمام نیست. نقود محقق نایینی بر محقق خراسانی:
1. ضابطه حکومت - که مورد قبول مرحوم آخوند است - در نسبت بین ادله اصول و ادله مبین اجزا و شرائط نیست.
2. طبق تفسیر محقق آخوند باید قبل از تعمیم شرط حکم ظاهری وجود داشته باشد در حالی که حکم ظاهری با همین ادله می‌آید.
3. حکومت واقعی در این جا نیست. مستلزم اجزاء نیز نیست.
4. فرقی بین امارات و اصول نیست بلکه امارات اولویت برای اجزاء دارد.
5. لوازمی دارد ملتزم نمی شود

لاینبغی توهم الاجزاء فی القطع فی صورة الخطاء - چون موافقت نیست
بله گاه مقطوع به مشتمل بر مصلحت هست که مجالی برای انجام دوباره نیست در این صورت نه به خاطر اجزاء بلکه به خاطر خصوصیت اتفاقیه چنین است مانند: قصر و تمام و جهر و اخفات
اجزاء در برخی موارد اصول و طرق و امارات ربطی به تصویب ندارد چون حکم واقعی محفوظ است فقط حکم فعلی بعثی نیست.
عدم فعلی بودن در موارد غیر اصابت هست حتی بنابر عدم اجزاء فلافرق
عدم اشاره به مصلحت سلوکیه و مصلحت در تسهیل و منجزیت - مسلک محقق خراسانی در مقابل مسلک مشهور
احتمالات مرحوم شهید صدر و نقد آن - راه کار صحیح در مساله

تتبع با نقل کلام محقق خراسانی در کفایة الاصول - اشاره به سه قسم در مساله:
1. اصول عملیه که تنقیح موضوع تکلیف و تحقیق متعلق تکلیف می کند مانند اباحه و طهارت. در این جا باید به اجزاء قائل شد.
2. امارات که لسان بیان واقع را دارند در این جا باید به عدم اجزاء قائل شد، زیرا با ارتفاع جهل معلوم می شود فاقد شرط بوده است(بنا بر طریقیت)
3. آن چه برای اثبات اصل تکلیف می آید، وجهی برای اجزاء نیست
4. در قطع وجهی برای توهم اجزاء نیست مگر مصلحت استیفاء شود که دلیل خاص می خواهد.
اجزاء در مواردی از اصول و طرق و امارات مستلزم تصویب باطل نیست.